Η προέλευση του καράτε ως συνέχεια και εξέλιξη άλλων πολεμικών τεχνών χάνεται στα βάθη του χρόνου και του θρύλου.

Πατριάρχης του σύγχρονου καράτε πάντως θεωρείται ο Γκισίν Φουνακόσι. Γεννημένος στην Οκινάουα, το 1868 σε μία εποχή δραματικών κοινωνικών αλλαγών, άρχισε να εκπαιδεύεται στο καράτε με τους δασκάλους Αζάτο και Ιτόσου στην ηλικία των 11 χρόνων. Την εποχή που το καράτε ήταν απαγορευμένη τέχνη, ο Φουνακόσι έτρεχε κρυφά στο σπίτι του Αζάτο σαν έπεφτε το σκοτάδι και εξασκείτο εκεί ως την αυγή. Έτσι, ξεκίνησε να βαδίζει σε μία ατραπό που θα κυριαρχούσε στο υπόλοιπο της ζωής του.

Ο Φουνακόσι έγινε δάσκαλος το 1888. Το 1902  επισκέφτηκε το σχολείο του ο Σιντάρο Ογκάβα, επιθεωρητής σχολείων της περιοχής. Εκεί είδε μια επίδειξη καράτε και πρότεινε να χρησιμοποιείται ως μάθημα φυσικής αγωγής στα σχολικά προγράμματα. Έτσι ξεκίνησε η εξάπλωσή του καράτε. Οι επιδείξεις και οι παρουσιάσεις συνεχίστηκαν, έως ότου ο Φουνακόσι έκανε μια επίδειξη για τον πρίγκιπα τότε Χιροχίτο. Την επόμενη χρονιά το Ιαπωνικό Υπουργείο Παιδείας οργάνωσε μια επίδειξη πολεμικών τεχνών στο Τόκυο και κάλεσε τον Φουνακόσι στην ιαπωνική ενδοχώρα. Ο Φουνακόσι μετά την επίδειξη δεν επέστρεψε στην Οκινάουα, όπως υπολόγιζε. Ακολούθησε τα βήματα του πεπρωμένου και έμεινε στην Ιαπωνία, παρουσιάζοντας το καράτε σε δασκάλους και μαθητές του Τζούντο και διδάσκοντας ομάδες. Όταν το πανεπιστήμιο Κέιο ίδρυσε την πρώτη ομάδα μελέτης του καράτε, ο Φουνακόσι ήταν ο δάσκαλος.

Πολύ σύντομα άρχισε να διδάσκει και σε άλλα πανεπιστήμια. Εξαιτίας του σημαντικού ρόλου που έπαιξε στην εξάπλωση της πολεμικής τέχνης, οι ιδέες του Φουνακόσι είχαν βαρύνουσα σημασία για τη διαμόρφωση της φιλοσοφίας του καράτε. Ο Φουνακόσι  επέμεινε στην απόδοση της λέξης «Κάρα» ως « άδειο» και όχι ως « κινεζικό» Πίστευε πως το καράτε ήταν πλέον ένας διαφορετικός τρόπος εξάσκησης. Άλλωστε, για εκείνον η ερμηνεία « άδειο» υπερτόνιζε τη Ζεν φιλοσοφία του συστήματος, σύμφωνα με την οποία πρέπει να αδειάσει κανείς την καρδιά και το νου από τη γήινη επιθυμία και ματαιοδοξία.

Το 1935 δημιουργήθηκε το πρώτο ανεξάρτητο καράτε ντότζο στην Ιαπωνία. Στην είσοδο υπήρχε το σύμβολο του Σότοκαν, που σημαίνει «οίκος του Σότο». «Σότο» ήταν το όνομα με το οποίο ο Φουνακόσι υπέγραφε την καλλιγραφία του και σημαίνει « κύματα πεύκων». Ο Φουνακόσι αγαπούσε τη φύση και ήταν δεμένος με αυτόν τον ήχο, που θεωρούσε ως μουσική.

Το 1955 δημιουργήθηκε ο Σύλλογος Ιαπωνικού Καράτε  πιο γνωστός σήμερα ως J.K.A. (  Japanese Karate Association ) με κύριο δάσκαλο το Φουνακόσι. Αν και εκείνος πέθανε δυο χρόνια αργότερα, ο σύλλογος συνέχισε να εξαπλώνεται.

Όχι πολλά χρόνια μετά,  το  Σότοκαν καράτε έφτασε και στην Ελλάδα.